输血可能会感染到传染病,包括艾滋病、肝炎、疟疾、乙型脑炎、出血热和未知的病毒等。如果输血不当输血也可能发生传染性肝炎、血色病、同族免疫反应;输入体内的铁很难排出,积存的铁以含铁血黄素的形式沉积在体内,如影响心、肝、胰的功能时,即成血色病等。
还会有相关性急性肺损伤的风险,主要发生在多次接受输血的患者中,是因为输血引起的致命免疫反应,主要原因和致病机理目前并不清楚,如果患者接受不同血型的输血则发病率会明显升高。同时也可能会破坏到免疫系统。输入血液是异体细胞,因此可能会触发受血患者的自身免疫系统,使得发生排斥反应的概率增加。但是临床上也有发现,输血导致患者免疫系统被抑制,令病人变得虚弱,无法抵御手术后的感染和原来处于不活跃状态的病毒导致肺炎、感染、心脏病和中风的概率上升。